Entrando per la porta dell’atrio vediamo la chiesa di Santa Pudenziana divisa in tre navate, la ristiano è maggiore delle altre due, perché più alta e più lunga. Non ci sono volte, il tetto è sostenuto da travatura scoperta e moderna, composta da capriate. Le colonne sopra cui si sollevano gli archi a tutto sesto delle navate sono in travertino e in marmi antichi, una di queste venne murata perché non più capace a sostenere il peso di cui era stata caricata.
Come già detto, materiale recuperato dalla rovina di edifici antichi, ne compaiono anche altre di muratura foggiata in modo molto approssimato, non si ritenne necessario da parte degli operai che la costruirono andare oltre l’essenziale.
I capitelli di pietra intagliata non seguono le forme ordinarie di nessuno dei cinque ordini architettonici, solo uno raccolto non si sa dove è di marmo ben lavorato ma così rovinato che ha perso tutte le sommità delle foglie di acanto che piegavano in fuori, ciò dimostra che è stato per molto tempo abbandonato ed esposto alle intemperie in aperta campagna.
Dalle navate, per alcuni scalini si sale al presbiterio dove troviamo l’altare quadrilungo di travertino coronato da ciborio che ha colonne molto simili tra loro scelte con il criterio della snellezza, ma i capitelli sono difformi, e sorreggono la cupola piramidata.
L’Altare è ridotto alla più elementare mensa, ai lati due piccole tavole di travertino (altari che lasciano pensare a celebrazioni votive come nelle chiese abbaziali) sostenute l’uno da un pilastro quadrato l’altro da un frammento di colonna tortile. Dietro l’Altare si allarga l’abside semicircolare, nel mezzo, addossata al muro, troviamo la cattedra abbaziale di pietra con due braccioli alla cui sommità appaiono scolpite due teste di leone, come anche troviamo nei troni dei regnanti. Ai lati del trono troviamo circolarmente le banchine di pietra (subsellium) per gli altri monaci che assistevano alle sacre funzioni. In altro al centro, una fenditura a foggia di croce maltese, ai lati due finestrelle, simili a quelle esterne, che danno scarsissima luce.
Il pavimento dell’abside fu fabbricato con pezzi travertino, mattoni, mosaici e marmi antichi, con varie forme e colori, raccolti in qualche villa o tempio romano, infatti si notano scolpite alcune iscrizioni sepolcrali. Anche il pavimento delle navate è stato costruito con gli stessi materiali dell’abside, per le sue sconnessioni e irregolarità nel 1999 è stato restaurato a cura di un gruppo di volontari che curano la manutenzione e la conservazione della chiesa usando le offerte che i fedeli lasciano quando si celebrano i matrimoni. A destra e a sinistra dell’altare per un piano inclinato senza scale a sinistra e con una scalinata nella destra si scende nella cripta sotterranea, estesa per una parte del presbiterio che venne così alzato dal piano della navata. Qui due tronchi di colonne sostengono una bassa volta illuminata da una fioca luce di una feritoia.
Durante recenti scavi sono stete rinvenute ossa umane all’interno della cripta dove il curato di borghesia, , prima del periodo napoleonico seppelliva i morti. Risalendo, vicino alla porta di ingresso possiamo notare due urnette cinerarie di marmo, riutilizzate come acquasantiere.